Ich habe mal die Quellen von avrdude für den Bootloader ein wenig gepatcht. (quick & dirty):

Jetzt sollte man per SerCon auch unter Linux ein Update per Bootloader machen können.
Wer Linux hat, bitte mal testen. (getestet mit Ubuntu)

Zur Info:
Selbst wenn es Probleme beim Update geben sollte, der Bootloader bleibt unberührt und es kann per MK-Tool wieder eine FlightCtrl-Software eingespielt werden...


Man schaue in die INSTALL wie avrdude compiliert wird (kurz: configure, make, make install).

Nach dem Compilieren und Installieren kann avrdude wie folgt aufgerufen werden:

 Flight-Ctrl:
  ./avrdude -p m644 -P /dev/ttyS0 -c butterfly -b 57600 -U flash:w:Flight-Ctrl_MEGA644_V0_xy.hex

 BL-Ctrl:
  ./avrdude -p m8 -P /dev/ttyS0 -c butterfly -b 57600 -U flash:w:BrushLess-Ctrl_MEGA8_V0_xy.hex


Das Device ( /dev/ttyS0 im obigen Beispiel) an die Gegebenheiten anpassen!
 
Es funktioniert nicht mit der Navi-Ctrl.


IngoB
PS: Es werden u.a. die Pakete byacc, flex und bison benötigt.